将升格食品药品监管部门、组建新的国家食品药品监督管理总局的消息最早是在3月10日国务院机构改革和职能转变方案中公布的。
　　在国务院机构序列中，这一即将组建的新部门较此前副部级别的国家食品药品监督管理局在行政级别上提高了一个级别，成为一个正部级单位。很多人认为，政府部门级别越高，越有能力协调矛盾、解决问题。
　　新的这一部门是中国大部制改革浪潮中的产物。其权力更为集中。按照改革方案，它整合集中了国家食品安全办的职责、食品药品监管局的职责、质检总局的生产环节食品安全监督管理职责、工商总局的流通环节食品安全监督管理职责。随之，工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构也将划转到这个新部门。
　　最近一些年来，中国频发食品、药品安全事故，一些专家认为原因在于中国食品安全监管机制不合理，即多部门、多环节管理。此前，中国食品领域的监管模式是“5+1”的模式，参与食品监管的涉及6个部门：农业部负责农产品的种植，质检总局负责生产环节，工商部门管理流通环节，而食品药品监管局负责市场消费环节，卫生部则管标准制定和风险评估，国务院食品安全委员会办公室负责综合协调。
　　分段监管造成的结果就是重复许可、重复监管，也造成了责任界定模糊不清，导致在一些领域需要真正负责任时却相互推诿。随着将工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构划转食品药品监督管理部门，中国具体涉及食品安全的部门将只剩下三个，即农业部、卫生和计划生育委员会和食品药品监督管理总局，监管权力将变得更为集中统一。而国务院食品安全委员会的保留意在协调各方监管。
　　但多头监管，关键依旧是权力斗争以及内部腐败使然。
　　国家药监局成立后，由于郑筱萸希望保持以原医药局的班底为主，对卫生部过来的人员采取了边缘化态度。这引起了卫生部的不满，为此在1999年2月，卫生部还专门发布了一个关于药品监督管理执法主体有关问题的通知，称虽然国家药品监督管理局已正式成立，但《药品管理法》等法律法规规定的执法主体仍是卫生行政部门。
　　此后，药监局与卫生部之间的职能矛盾并未因此解决，2003年4月，新一轮的机构改革把食品监管职能也并入药监局，成立国家食品药品监督管理局，这个新部门属于国务院直属部门，并进一步被授予了更多行政权力，郑筱萸仍担任局长。
　　这个新的监管部门并未履行好监管职责，反而爆发了全面的腐败。国家药监局医疗器械司原司长郝和平、药品注册司司长曹文庄和局长郑筱萸先后被双规。郑筱萸在2007年7月因受贿罪和玩忽职守罪被执行死刑，成为中国近年来为数不多因受贿罪获死刑的高级官员之一。
　　严重的腐败摧毁了这个部门单独存在的基础。2008年初，在机构改革过程中，它又被划归于卫生部管理。但此后该监管部门腐败依旧。2009年和2010年两年内，包括国家药监局药品注册司生物制品处调研员卫良、药品认证管理中心孔繁忠以及国家药监局副局长张敬礼等五名官员因为涉嫌腐败违纪先后被双规并接受司法调查。
　　2008年，中国爆发了三聚氰胺事件，该事件严重打击了中国牛奶产业，这一事件的负面影响一直持续到了今天。此后，各种食品安全事故不断，进一步打击了国民对于本土食品质量的信心，令政府焦头烂额，却苦无良策。
　　中国新一届党政领导人希望解决腐败和食品安全等紧迫问题，重新唤起国民对政府和本土企业的信任。而即将再次升格组建的食品药品监督管理总局在习李新政中显然将扮演重要的角色。
　　但一直困扰中国的权力滥用和权力寻租问题可能再次令监管形同虚设。
　　“确实，未来仍将面临谁来监管监管者的问题。所以，如何实现监管决策的民主化和透明化，如何实现监管权力的程序化，以及解决权力寻租问题，就显得迫在眉睫。”